Miraidon est un Pokémon à l'allure générale reptilienne et technologique. Son corps majoritairement violet sombre est parcouru par une énergie semblable à un plasma violet clair et jaune, que l'on peut voir au niveau de sa gorge sur-développée, ses bras, ses doubles cornes et sa longue queue. Ses bras se terminent chacun par trois grandes griffes, les griffes centrales étant parcourues par une bande noire. Ses pieds possèdent également des griffes, mais ceux-ci sont repliés sur ses jambes qui forment des réacteurs. Son visage a une apparence métallique, avec un disque violet latéral au niveau de la jonction de ses mâchoires, et des yeux semblent faits de diodes lumineuses bleues et jaunes. On retrouve également des segments métalliques à la base et à l'extrémité de sa queue, terminée par un panache de plasma en forme d'éclair.